Im silbernen Licht des Vollmondes gleitet ein Luftschiff über ein Meer aus Wolken. Muska, ein Geheimagent der Regierung, bringt das Mädchen Sheeta zur Festung Tedis. Plötzlich wird das Schiff von Piraten angegriffen. Die Piraten und der Regierungsagent verfolgen beide dasselbe Ziel: Sie wollen das Geheimnis des Kristalls ergründen, den Sheeta an einer Kette um den Hals trägt. Der Kristall ist der Schlüssel zum Geheimnis der verborgenen Stadt Laputa, einer Insel, die im Himmel schwebt, erbaut von einem sagenumwobenen Volk, das schon lange von dem Planeten verschwunden ist.

Birgt Laputa tatsächlich Schätze und Reichtümer jenseits aller Vorstellungskraft oder befindet sich dort eine geheimnisvolle Technologie, die so fortschrittlich ist, dass wer auch immer sie beherrscht auch die Welt beherrschen könnte? Sheeta findet in dem jungen Pazu einen Freund, der ihr hilft, ihren Verfolgern zu entkommen und der sie auf der Suche nach der Lösung des Rätsels des schwebenden Schlosses begleitet. Gemeinsam fliehen Sheeta und Pazu vor den Piraten und reisen nach Laputa. Was sie an diesem seltsamen und geheimnisvollen Ort finden ist ein Schatz, wertvoller als die Macht, die Welt zu beherrschen.

Das Schloss im Himmel ist der erste Film des japanischen Zeichentrickfilmstudios Ghibli.