Mio und Shin sind schon seit Kindertagen befreundet, doch hat Mio begonnen, tiefere Gefühle für ihren Sandkastenfreund zu hegen. Unsicher, und vor allem nicht willens, ihre Freundschaft zu gefährden, hält sie dies jedoch geheim. Als dann ihre beste Freundin Madoka ihr verrät, dass sie sich in Shin verliebt hat, traut sich Mio erst recht nicht, etwas zu sagen, sondern ermutigt Madoka stattdessen, es mit Shin zu versuchen.

Mio weiß nun nicht, wie sie mit der Situation umgehen soll, und lässt dies unbeabsichtigt auch Shin spüren, sodass sie in einen Streit geraten. Später jedoch bereut sie ihr Verhalten und läuft ungeachtet des mittlerweile strömenden Regens los, um sich mit ihm zu versöhnen. Doch auf dem Weg gerät sie in einen Verkehrsunfall und wacht plötzlich in einer Welt auf, in der die Züge auf dem Wasser fahren und alles irgendwie bekannt, aber gleichzeitig anders aussieht, als es sein sollte … um dieser seltsamen Welt zu entkommen, muss sie sich auf eine Reise in ihr Innerstes begeben und eine lang vergessene Erinnerung wiederfinden. Das Fantasy-Abenteuer OVER THE SKY ist das Werk von Yoshinobu Sena, der für das Konzept, das Drehbuch und die Regie verantwortlich ist. Der Tokyoter Stadtteil Ikebukuro dient hier als Setting und Inspiration für den Anime-Film.